संघीय संचितको सञ्चालन तथा व्यवस्थापन गर्ने निकाय महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको प्रतिनिधिको रुपमा वि.सं २०३८ साल साउन ०१ देखी जिल्ला स्तरमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयको स्थापना हुने व्यवस्था गरिएको थियो । सो क्रममा साविकको रुकुम विभाजन हुनु पूर्व कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय, रुकुमबाट कार्यसम्पादन हुदै आएकोमा संघीयता पश्चात रुकुमलाई रुकुम पूर्व र रुकुम पश्चिममा विभाजित गरेपछि यस जिल्लामा कार्यसम्पादन गर्नको लागि वि.सं २०७४ असोज १९ गते कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय, रुकुम (पूर्वी भाग) को स्थापना भएको हो। जिल्लास्तरमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयको स्थापना भए पश्चात सम्पूर्ण सरकारी कारोबारहरुको व्यवस्थापन तथा नियामक निकायको रुपमा क्रियाशील हुँदै आएको छ। प्रदेश सरकारी कार्यालयहरुलाई भुक्तानी निकासा दिनको लागि प्रदेश स्तरको प्रदेश लेखा इकाई यस जिल्लामा स्थापना भइनसकेको हुँदा प्रदेश लेखा इकाईले गर्ने काम पनि यस कार्यालयले गर्दै आएको छ।

महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको मार्गदर्शन बमोजिम प्रविधिमा आधारित Treasury Single Account- TSA, Revenue Management Information System- RMIS, Computerized Government Accounting System- CGAS, सार्वजनिक सम्पत्ति व्यवस्थापन प्रणाली (Public Assets Management System) परिमार्जित संस्करण PAMS V2 को कार्यान्वयन गरिएको छ।

रुकुम (पूर्वी भाग) जिल्लाका तिनवटै गाउँपालिकाहरुले संघीय तथा प्रदेश सरकारबाट प्राप्त गर्ने सबै किसिमका अनुदानहरुको निकासा दिने व्यवस्था यस कार्यालयले गर्दै आएको छ। जिल्लास्थित स्थानीय तहहरुले प्राप्त गर्ने राजस्व तथा खर्चको अनुमान अर्थात बजेट अभिलेख तयार गरी सोको आधारमा लेखांकन तथा वित्तीय प्रतिवेदन प्राप्त गर्न सकिने गरी विकास भएको स्थानीय संचित कोष व्यवस्थापन प्रणाली (Sub-National Treasury Regulatory Application- SuTRA) यस जिल्लाका तिनवटै स्थानीय तहहरुमा पूर्ण रुपमा कार्यान्वयनमा रहेको छ।